第四章 清朝時代 清軍的佔領 清王朝在未完全控制中國本土以前，為了爭取時間與鄭氏政權邊打邊談。一六八一年十月，清王朝一旦將中國平定後，立即傾全力以打倒台灣的鄭氏政權。這時清康熙皇帝排除眾議，起用背叛鄭氏的施琅為福建水師都督，擔任攻台總指揮，因而熟知台灣狀況的施琅為清廷建立了汗馬功勞。 施琅於一六八三年七月八日，率領三百餘船隻及二萬餘名兵員，經過一星期戰鬥攻下澎湖島後，用計將俘擄送返台灣，散播謠言以動搖民心。施琅的軍隊在澎湖停留期間，鄭氏政權早已陷入恐慌狀態，掌權的馮錫範與劉國軒勸鄭克塽投降。同年七月三十一日，鄭氏政權派遣使者至澎湖島傳達要無條件投降。施琅接受後，於九月五日派代表到台灣，命其留辮髮以示向滿州王朝臣服，取走鄭氏政權的印璽，並要求提出政府的財產目錄。同月二十二日，施琅率兵不流血而佔領了台灣。 對鄭氏的酷政不滿的移民，歡欣鼓舞地迎接施琅及其軍隊。施琅頒佈三年免稅，以收攬民心。二十七日，鄭氏政權的第三代藩王鄭克塽伴隨文武百官，著辮髮表示歸順，正式投降。經過鄭成功、鄭經、鄭克塽三代、共廿三年的鄭氏政權就此閉幕。於是台灣在荷蘭、鄭氏政權之後，接著迎接清國的統治時代。 「台灣棄留疏」
施琅的呈文大意是說：台灣係江蘇、浙江、福建、廣東等東南四省的屏障，土地肥沃、物產豊富。即使放棄台灣，遣送移民之策也不切實際，移民反而會逃入深山，與原住民結夥，繼而與中國內地偷渡而來的罪犯或游民合流，成群結黨襲搫中國沿海，無疑為將來留下禍根。而且過去統治過台灣的荷蘭，一定會捲土重來佔領台灣，對澎湖島的安全也沒有保障。康熙皇帝接納施琅的呈奏，於一六八四年五月二十七日下達領有台灣的敕令。台灣的命運，可以說自此制定了方向。 清國雖然領有台灣共二百一十二年，但一直到一八七四年約一百九十年間，經營至為消極。其經營的基本方針，重點在防止台灣再度淪為盜賊巢窟或反政府勢力的基地。清廷的台灣經營蹤然消極，仍不能阻止來自福建南部和廣東東部的移民潮，於是台灣以農業為中心，開發逐步有了進展。 清國政府決定領有台灣後，將台灣與澎湖列島置於福建省管轄下，設「分巡台廈兵備道」兼管廈門與台灣。並將鄭氏時代的承天府改為台灣府，在台灣府下設置台灣、鳳山﹝鄭氏時代的萬年州﹞、諸羅﹝同、天興州﹞等三縣。分巡台廈兵備道雖然兼管軍事及行政，但以行使軍事權維持治安為主。清國政府對防範官吏與兵隊背叛極為用心，規定往台灣赴任的官吏任期為三年，任期屆滿立即調回中國，並禁止家屬同行。總數約一萬的陸軍和海軍部隊也每三年調動一次，稱為「班兵制」，並禁止由台灣當地募兵。這是害怕長期駐台會本土化，與台灣居民串通造叛。
廣東省東部為多數「客家」族聚居的地方，傳說第三條係因施琅對客家持有偏見而設的。不管原因如何，台灣的客家移民比較閩南泉州、漳州的移民落後許多，是事實。 清國政府雖然嚴格限制渡航，偷渡赴台的人卻日益增加。沃野千里的台灣，對人口過剩的中國東南沿海各省、尤其對福建省的人來說，正是充滿希望的新天地。偷渡到台灣，首先必須穿過官府嚴密的監視網，再橫越台灣海峽的巨浪。台灣海峽是自古以來有名的「天險」，澎湖列島附近危險海流的「黑水溝」，曾經吞沒無數船隻。偷渡者要平安到達台灣，極不容易。儘管犧牲者眾多，目標指向台灣的人仍然絡繹不絕。 開發的限制 清國政府限制中國東南沿海居民渡航來台，並對已在台灣的移民施以「封山令」。所謂封山令，就是禁止移民進入原住民地區開墾。封山令一見之下似在保護原住民，防止移民與原住民衝突，實際上是為防止叛亂的移民逃入山區，與原住民結合謀反。在封山令下，清國政府把原住民與移民隔離並設分界線，不但把原住民封閉在內，同時禁止移民越界與原住民交流或通婚，犯規者加以嚴罰。對未能察覺移民越界的管轄官吏降級調職。 清國政府為防止移民私藏武器，不僅將鐵與鐵製品的輸入，就連鑄造也長期加以禁止。農具的打造須要政府許可，全台灣經政府認可的打鐵店只有二十七家，所需的生鐵材料也指定由福建漳州輸入。此外，因台灣屬於亞熱帶地區，原始竹林廣範分布，因害怕居民用竹槍或竹竿當作武器，而禁止竹的採伐、搬移或輸出。 附帶一連串限制和嚴酷罰則的封山令，削弱了農業生產力，且阻礙了台灣的開發。但是，隨著歲月的經過，這些措施與渡航限制一樣，變成有名無實。台灣的農業開發雖緩慢，但也有進展。鄭氏時代的點與線的開發逐漸擴張，變成為全面性的開發。 農業開發與行政區域的擴大 清國政府所頒佈的嚴罰的禁令，因時間的經過或由於執法官員的腐化，都個個被擊破。人口逐漸增加，隨著農業的開發，行政區域也擴大起來。 領有台灣當時，清國政府幾乎全部承襲鄭氏政權的行政機構與區劃，南部在台灣府下設台灣、鳳山、諸羅三縣。後來因為人口增加、開發也有進展，於一七二三年將諸羅縣分成諸羅縣、彰化縣與淡水廳。一七二七年由於軍事上的考量設立澎湖廳，台灣府變成四縣二廳。至一七六○年，客家移民的禁令撤消後，渡台限制大幅緩和，移民潮滔滔湧向台灣。
五年一大反、三年一小反 清國政府對台灣經營態度消極並以維持治安為重點，不是沒有理由的。因為在二百十二年之間，竟有發生過大小約一百件武裝起義和騷擾事件的記錄。當時的台灣，是個瘧疾等風土病蔓延、毒蛇棲息之地，清國官吏以剽悍的居民「五年一大反、三年一小反」為理由，對往台灣赴任躊躇不前。 大規模的武裝起義和騷擾事件多數由移民所發起，對清國政府的貪官污吏不滿乃是主要原因。被派遣來台的官吏，一般來說都不是優秀的，而且薪水也偏低。領台初期的分巡台廈兵備道的道台﹝長官﹞年俸為銀六十二兩，各縣的知縣﹝縣長﹞為二十二兩半，士兵的月給包括衣食住為銀二兩，換算年俸為廿四兩。由此可見官吏的待遇是何等低微。因此，官吏的瀆職賄賂橫行成為家常便飯，致使居民受盡苦楚。 官吏瀆職、受賄等惡習可說是中國的傳統，但是台灣官吏腐敗的情形，極為深刻。為改善待遇以使官吏清廉，自一七四三年起開始雖然支給「養廉銀」，可是官吏瀆職與受賄不但不見減少，反而繼續惡化。士兵亦在班兵制之下士氣不振、多數沈迷於賭博與遊樂，或勤於賺取外快。
原住民的漢化 武裝起義或騷擾事件絕大多數由移民發起，但是其中也有由原住民發起者。原住民的起義，多因不滿苛政與反對移民侵犯而引起。但是因為原住民分為多種族，集結力薄弱，以致未能發動全面性起義。 清朝對台灣經營未轉積極之前，由於渡航限制，幾乎所有的移民都是單身漢。移民與原住民間交流或通婚雖被禁止，但實際上進行的很多。通婚也是原住民人口成長率低的原因之一，因為所生的孩子被當作漢族移民。清國政府早已將居住於平野且順服教化的原住民稱為「熟蕃」或「平埔族」﹝平地原住民﹞，居住山區不及「教化」者稱為「生蕃」﹝山地原住民﹞而加以區別。與移民通婚的，幾乎全都是平地原住民。曾有俗語說：「台灣有唐山公、無唐山媽」，意即在台灣雖有中國人祖父，卻沒有中國人祖母，可見移民與原住民女性結婚者如何普遍。﹝註：今天在國民黨政權控制下的台灣，原住民被稱作「高山同胞」，在平地稱作「平地山胞」，在山地者稱作「山地山胞」來加以分別。本書中所說的「平地原住民」與「平地山胞」意義不同，請讀者注意。﹞清國政府領台不久，便著手教化平地原住民，於一六九五年開始學校教育。使用「三字經」作漢字學習教材，對平地原住民培植漢民族的價值觀。一方面進行平地原住民的漢化，一方面半強制地將漢民族的姓「賜」給原住民。賜姓比較普遍的，有潘、劉、陳、林和李等，其中以潘為最多。據說，因「潘」與「蕃」發音接近、又「潘」字裡有「田」也有「水」，為以農為業的平地原住民所喜愛。 天地會與分類械鬥 與原住民比較，移民的反抗壓倒性地多，規模也很大。原因與鄭氏政權崩潰後發展的秘密組織「天地會」有關。天地會是以打倒異族滿清為政治目標、經濟上以孤立無援的移民互助為目的的民間組織。 天地會之名稱，由「天地為父母、盟員皆兄弟」而來。入會必須經過互交血杯的「插血為盟」、「飲血為盟」儀式才會被接納。當時移民全係單身漢，結拜為義兄弟，不但可以對抗清國政府，同時亦可藉慰無聊、加強家族的團結，作為在異鄉的生存方法，無論經濟上、社會上都有幫助。既是反清，而且是「用血凝固」的集團，不論何時何地揭竿起義，也就不足為怪，一旦事發立即成為燎原之火，威脅清國政府。天地會初期雖具強烈的政治動機，但政治性逐漸淡化，後來成為相互扶助的性質。隨著移民的增加，盟員也跟著增加，不久便依原藉地而組織分會朱一貴之亂與林爽文之亂時，能在短時間內席捲台灣全島，背後裡就有天地會的組織動員力量，但是失敗的原因，又是因閩南與客家派系反目所致。所謂「分類械鬥」的問題，關係在此。
反抗清國政府的起義或騷擾事件，以及居民的分類械鬥，隨著台灣經營的積極化而逐漸平靜下來。因為帝國主義列強對台灣開始顯露野心，清國政府認識了領台的價值，居民也由於意識到新敵人，民族意識開始萌芽。這種變化，可以把它看作由重商主義時代進入帝國主義時代所產生的現象。 國內殖民地 自荷蘭統治時代以來，台灣農業係以生產食糧與栽培輸出用蔗糖為主。鄭氏政權差不多也是如此。人口少時，以「糖為主、米為副」，但是，人口增加或者遇天災食糧需要增多時，則變成「米為主、糖為副」，經常產生所謂「米糖相剋」的問題。這是清朝以至日本統治時代，纏繞著台灣農業的課題。 台灣米每年收成兩次至三次，通常自給自足尚有剩餘。在清國時代，因填補中國的糧食不足，而被稱為福建的「榖倉」。不過，台灣供給中國食米，另一方面所需的日用雜貨等，卻須依賴由中國的進口。即使台灣想自己生產生活必需品，也競爭不過進口貨，廉價中國貨的傾銷阻礙當地產業的生長。在此情形下，商人將中國的日用雜貨運來台灣，把台灣的米、砂糖、樟腦等特產運售中國，台灣即變成為中國經濟上的殖民地，也即「國內殖民地」。
開港 清朝與英國的阿片戰爭期間，自一八四一年九月起英國艦隊數度出現台灣外海，試圖佔領北部基隆港與西海岸中部梧棲港，但都歸於失敗。那是帝國主義列強對台灣第一次野心的行動。接著於一八五四年七月，剛與日本締結親善條約由培理率領的美國東洋艦隊在基隆港停泊約十日期間，借口搜尋失蹤水兵，登陸勘查基隆煤礦。培理返國後，提出報告力陳台灣適合作為美國的遠東貿易中繼站，台灣有如圍繞弗咯里達半島和猶加旦半島、制御墨西哥灣的古巴，主張加以佔領。佔領台灣的主張雖未實現，但培理的報告廣受歐洲列強的注目，急激地提高對台灣的關心。 此後，於一八五六年十月在廣州發生亞羅號事件，為處理善後，於一八五八年六月締結天津條約。依據天津條約，清國政府將台灣的淡水 ﹝1862 年﹞、基隆﹝1863 年﹞安平、打狗﹝今日之高雄﹞均於 1864 年陸續 開放，並且允許宣教師來台傳佈基督教。 開港同時，歐美各國商人開始進出通商港口，傳教師也陸續來台，並與居民頻頻發生摩擦與糾紛。自處理一八六八年英國商人因收集樟腦發生的糾紛以後，清國官憲在英國艦砲威脅之下，都以忍辱委屈求全的方式解決。那時所締結協定的概要是：﹝1﹞
廢止樟腦官營，容許外國人及其雇員自由買賣，﹝2﹞淮許外國商人在台灣旅行，﹝3﹞賠償過去教會的損失，禁止居民對基督教誹謗，
荷蘭統治時代，雖然在台灣南部有基督教、北部也有西班牙引進來的天主教傳教活動，但在鄭氏政權交替時幾乎斷絕。阿片戰爭後的一八五九年，菲律賓的聖多米尼哥教會派遣 日本對台出兵
李仙得一八六七年於廈門領事任內，與台灣南部的原住民酋長卓杞篤之間締結有關救助海難的條約。當時在台灣南部海上，美國船之外有多數外國船遇難，遭難者被原住民殺害的事件頻頻發生，但清國政府借口原住民與其所居住區域為「化外之民、化外之地」而推諉責任，所以李仙得經過美國政府認可，直接與卓杞篤締結條約。這情形猶如台灣有兩個政府的存在。
由消極到積極 日本出兵台灣，對清廷以往消極的台灣經營成為一種警訊。清廷在日軍到達台灣後的一八七四年五月二十七日，迅速任命沈葆楨為「欽差兼辦理台灣海防事務大臣」並派遣來台。沈葆楨由船艦兵員隨伴，於同年六月十七日到達台灣，顯著地強化台灣的防衛力量。不過，沈葆楨的任務非要與日本一戰，而是要革新台灣行政、以積極政策使台灣發展。 沈葆楨的積極政策包括：﹝1﹞ 安撫原住民及廢止封山令，﹝2﹞ 完全撤除渡航限制，﹝3﹞ 整理行政區劃並擴充府、縣、廳的範圍，﹝4﹞ 兼管台灣的福建巡撫﹝相當於省長﹞ 移駐台灣，﹝5﹞ 整頓軍政，﹝6﹞ 採掘煤炭等等，為台灣經營帶來一大轉機。台灣東部首次有了道路，南部也建造東西橫貫道路。獎勵移民開墾，重新劃界線而將山地原住民的居住地區縮小、把移民的居住地區擴大，加緊全面開發。在基隆附近的炭坑雇用外藉技師，開始以新方法採掘煤炭。在台北及台南新設文報局﹝相當於郵政局﹞，增進政府公文往來速度。文武官風紀的改善也積極推行。福建巡撫移駐台灣雖未實現，但改為在台灣與福建各駐半年。
劉銘傳的改革 阿片戰爭之後，列強對狼狽不堪的清國的領土及屬地虎視眈眈、伺機染指。日本出兵以後，直接以武力攻台的是法國。法國為著清國的屬地越南發生清法戰爭於一八八四年四月，派艦隊強行進入基隆港，除測量港灣外，並強制購買煤炭。同年八月，又登陸基隆將砲台加以破壞，並在市街遊行威嚇後撤退。其後，又於九月攻擊基隆及淡水、十一月至翌一八八五年二月期間反覆地攻擊基隆周圍。法軍一時也曾佔領，但是結果未能完全佔據台灣北部，於是將目標轉向防衛較弱的澎湖島，一八八五年三月底佔領澎湖。及至四月中旬，以越南成為法國的保護國為前提，成立清法兩國停戰協定，解除對台灣海上的封鎖並由澎湖島撤兵。這次法國對台灣的軍事行動，更使清國政府認識台灣的重要性，為加速實現沈葆楨以來積極經營台灣的政策，派遣「洋務」改革運動家劉銘傳來台。
劉銘傳就任管轄台灣及福建的福建巡撫時，向朝廷建議台灣與福建分離被採納，一八八五年十月台灣成為獨立「省」，劉被委任為第一代台灣巡撫。台灣省成立後，立即修改行政區劃：台灣省之下，設台東直隸州與管轄淡水縣、新竹縣、宜蘭縣、基隆廳、及南雅廳的台北府，管轄彰化縣、雲林縣、苗粟縣及埔里社廳的台灣府，管轄安平縣、鳳山縣、恒春縣及澎湖縣的台南府等三府十一縣三廳一直隸州。 此時重編的行政區域，成為後來日本以及國民黨政權統治時代的基礎。劉銘傳創設直屬台灣省的三十幾個機構，又把原來的機構加以改組。其中比較重要的有徵收稅租的稅厘總局、負責樟腦專賣的腦務總局、徵收茶稅的茶厘總局、負責食鹽生產與徵稅的鹽務總局、推行煤炭採掘的煤務局、促進海上運輸與管理的輪船局、推行開拓與開墾的撫墾局、負責公眾衛生與疾病治療的官醫局等等。幾乎所有這些機構，雖然名稱有所改變，都被日本統治時代的台灣總督府繼承下來。 劉銘傳的改革，係以居民自己負擔為原則，可說是一種「就地取材主義」，一面創設新興事業，同時整頓稅收並且開發新稅源。也即在劉銘傳獨自計算之下，採取積極的台灣經營目標。當時台灣的財政主要依靠地租，劉銘傳毅然採取劃時代清賦措施，向朝廷上奏「三至五年之後，將以台灣之財收自給自足」云。 清賦事業 劉銘傳於一八八六年四月，設清賦總局於台北，三個月內完成居民的人口調查，並進行兼具治安目的的「保甲」編制。保甲制度即是，以「甲」為單位，將居民置於連座制之下加以管理，以十戶為一甲、十甲為一保，甲有甲長、保即設保正。人口調查完成後，隨即著手土地的調查，確定土地及田的所有者，摘發漏稅的「隱田」，並確定其所有權人。 這樣一來，地租收入一舉由不到五十萬兩增至六七•五萬兩。雖然清賦事業做得不夠徹底，但是所做的台灣人口調查與土地調查，以及把複雜的土地所有狀況明朗化，不僅成為日治時代的人口調查及土地調查的基礎，而且有助於台灣的資本主義化，其意義非常之大。 當時台灣的土地的持有狀況，是地主的「大租戶」與「小租戶」之下有佃農，也即所謂二重持有的構造。大租戶徵收收獲物的一成，小租戶則徵收五至六成的佃租剩下三至四成給佃農，地租由大租戶與小租戶分擔。清賦事業曾試圖廢止大租戶，但遭到政商及豪紳的抵抗，結果，大租戶把以前所得的四成撥給小租戶，使小租戶成為納稅義務人，也即以所謂的「減四留六」折衷案妥協解決。
一部份為了中國國內的政爭原因，劉銘傳於一八九一年六月，諉病辭職，失意中離去台灣。繼任的台灣巡撫邵友濂，迴異於劉銘傳，對台灣經營很消極，致使劉銘傳的改革事業未及完成，中途而廢。邵友濂在任中，於一八九 四年四月將首府由台南移至台北，台灣的政治中心漸漸地由南向北移動。然後，於一八九四年十二月邵友濂離職，代之由唐景崧就任台灣巡撫。時已正在日清甲午戰爭中矣。 |
清王朝雖然消滅了鄭氏政權，但對領有台灣仍很消極。當初有關台灣棄留的眾議中，「放棄論」竟佔上方，只有施琅固執著「領有論」。「放棄論」認為台灣不過是一個偏離中國的海中孤島，自古以來係海盜、逃犯、逃兵等亡命之徒的巢窟，所以主張領有無益。不過，澎湖島因係軍事要衝，應以元朝為例，加以佔有當作東支那海的前線基地，將現居台灣的漢族移民全部送回中國的原籍地。熟知台灣、征台有功的施琅，反對這種主張並向康熙皇帝提出有關放棄與領有台灣利弊的奏文「台灣棄留疏」，力陳領有台灣的重要性。
移民限制
清國降伏鄭氏政權不久，把十幾萬移民強制遣返中國大陸，使台灣變成「人去業荒」。而且為處置留下來的移民，頒佈「台灣編查流寓則例」，實施全面性的人口調查。殘留移民中，無妻兒或產業的立刻遣返原籍地、如有妻兒或產業而願繼續留在台灣者，須向原籍地的官府申請，由分巡台廈兵備道審核，犯案者則不管有無妻兒產業，一律送回原籍審判，不淮再渡海來台。 
決定台灣領有同時，渡台雖被認可，但受到嚴格限制。清國政府頒佈三條渡航限制令：﹝1﹞ 擬渡台者，須取得原籍地官府的同意書，由分巡台廈兵備道審查，再經過「台灣海防同知」﹝台灣海岸守備隊司令官的最後審查通過方可，偷渡者則從嚴處罰，﹝2﹞ 擬渡台者不准攜眷同行，已渡台者也禁止家屬赴台團聚，﹝3﹞ 廣東省東部為海盜巢窟，居民具有盜賊因習，故禁止渡台。
領台當初清國政府為著治安將原有的移民削減、限制新移民，並禁止妻兒來台，把妻兒留在原籍地當「人質」以抑制台灣人口的增加。
農業開發延及橫越中央山脈的台灣東部，於一八○九年在東北蛤瑪蘭﹝今日之宜蘭﹞設立蛤瑪蘭廳。清國政府對台灣的經營由消極變為積極，原因是一八七四年日本對台灣出兵。那時，皇帝派遣欽差沈葆楨來台視察。沈葆楨提出意見書建議將實施一九○年之久、已名無實的渡航限制與封山令等全面撤廢。翌一八七五年，依照開發實況，把台灣全島劃為二府七縣五廳，也即台灣府下的台灣縣、鳳山縣、嘉義縣、彰化縣、恒春縣、澎湖廳、卑南廳﹝今日之台東﹞、埔里廳，與台北府管轄下的新竹縣、宜蘭縣、基隆廳、淡水廳等。由此新劃定的行政區域可知，台灣的農業開發大致已遍及全島。
武裝起義或騷擾事件當中，一七二一年的朱一貴之亂、一七八六年的林爽文之亂、以及一八六二年的戴潮春之亂，被稱為清朝統治下台灣的三大「叛亂案」。朱一貴之
亂，七日而擴及台灣全島，以反清復明為口號、建年號為「永和」，與清兵在各地展開戰鬥將近一年後，終於被鎮壓。林爽文之亂與朱一貴之亂相隔六十五年，復明的意識已經淡薄，林是為官府所迫而起兵，建年號「順天」，作亂一年有餘。以林爽文之亂為界，後來的起義或騷擾事件比較偏重於經濟性訴求，未能發展至全島的規模。戴潮春之亂就是如此，以台灣中部為中心攻防達三年之久。鎮壓這些事件，僅靠駐台部隊顯然人手不足，幾乎每次都必由中國本土調動精銳部隊前來支援。
「分類械鬥」意即，雖然同屬於漢族移民，卻有閩南系與客家系，閩南系裡有漳州系與泉州系，各以同類﹝同一原藉地﹞結成不同派系，使用武器互相打鬥。分類械鬥係貧瘠的福建常見習性，不但被帶進台灣，而且變得更激烈、更複雜。既有閩南系與客家系的對立，也有漳州、泉州、客家三派系之爭，有時候原住民也加入變成四重爭鬥。此外，還有同族同姓結集起來與他族戰鬥的例子。這種可以說是居民內鬥的分類械鬥，消弱了自已的力量，對清國政府來說，居民的分化使控制更為容易。在清國統治時代的記錄裡常出現的「義民」即是指那些依附清國政府、協助鎮壓「亂民」的人。
長期在這國內殖民地，台灣的進出口商形成獨特的商業同業公會組織，稱為「郊商」。約於一七二○代，以廈門為界有從事華北貿易的「北郊」、從事華南貿易「南郊」以及從事台灣港口貿易的「港郊」。後來，在台灣各港口也形成個別的「郊」，不久除了各地區的「郊」以外，也形成以商品為別的「郊」，如「米郊」「糖郊」等「郊商」。這些具有商業同業公會性質的「郊商」是政府公認的獨佔性存在，後來發展成為台灣的商業資本家。「郊商」以特權為交換，於居民起義或反抗時，幾乎都協助政府，透過募集「義民」或捐獻軍費，踏上政商之路。後來因為台灣港口開放，長期控制台灣商業的這些「郊商」，或與外國資本合作或成為其「買辦」，只有兩者選其一之途可循了。
﹝4﹞宣教師有權在台灣各地居住與傳教，﹝5﹞
本地人與外國人的糾紛，應由清國官憲與英國領事共同裁判等等。雖然這是與英國的協定，但也適用於其他列強國家。這樣一來，各國與清廷所締結的不平等條約，也一併適用於台灣了。自此台灣經濟成為世界經濟的一環，由北部淡水及基隆輸出茶與樟腦，由南部安平及高雄輸出砂糖，輸入即以阿片與雜貨為主。
神父來台，兩年後重新開始天主教的傳教活動。開港後的一八六五年英國長老教會以南部為中心，又一八七二年加拿大長老教會以北部為中心，開始傳佈基督教。十九世紀後半重新開始的天主教及基督教傳教活動，經過一個世紀到今天仍然繼續著，信徒人數雖不能與來自中國的佛教或道教相比，但為台灣社會帶來多元性的文化，並給予很大影響。
日本於明治維新後，為處理琉球問題焦心苦慮，又對台灣大動食指。適於一八七一年，發生琉球宮古島的居民六十六名漂流至南台灣、其中五十四名被牡丹社的原住民殺害、剩下十二名脫險返國的「牡丹社事件」。日本政府利用此事件，企圖一舉獲得日本領有琉球的承認，並將勢力擴及台灣。翌一八七二年，日本政府設領事進駐福州探窺台灣情形，並暗地裡派遣陸軍少校樺山資紀與在清國留學的水野遵到台灣，做實地調查。與此同時，以破例年薪一萬二千圓將美國前駐廈門領事、精通台灣事務的李仙得
(C.W. LeGendre)
聘為外交部顧問，進行向台灣出兵的準備。對李仙得甚至答應將來任命他為台灣總督。
一方面進行侵台準備，外交部長副島種臣於一八七三年三月赴北京交換「日清修好條規」批准書時，為牡丹社事件向清國政府提出交涉。清國政府以台灣居民係「化外之民」，該地區屬於「教化未及之地」為由，回避牡丹社事件的責任。清國政府的態度，與李仙得締結有關救助海難條約時的情形如出一徹。受此回應，日本政府即於翌一八七四年四月，任命陸軍中將西鄉從道為台灣蕃地事務都督、大隈重信為台灣蕃地事務局長、李仙得為事務局二等官，做為出兵台灣的首腦陣容。由西鄉率領日軍，同年五月十七日由長崎出發，二十二日在台灣南部的恒春附近登陸。雖然受到風土病與原住民游擊式反抗所困擾，仍於六月成功地佔領「蕃地」。
西鄉等佔領台灣南部期間，日本政府派遣大久保利通為全權大使，由李仙得陪伴前往清國，重覆交涉的結果，於同年十月三十一日締結「北京專約」，清國付日本五十萬兩，而日本則答應由台灣撤兵。雖然有關琉球的歸屬未有明確規定，清國政府卻承認日本出兵台灣是保護國民的
「義舉」，並且同意支付受害者遺族慰問金十萬兩，蹤然未實現局部佔領台灣的目的，但間接地獲得清國政府對琉球屬日的承認。
沈葆楨到任不足一年，被提升為兩江總督兼通商大臣而離開台灣，以致其改革構想未完全實現，但由其繼任者、福建巡撫丁日昌繼承下來。丁日昌和沈葆楨一樣，也是屬於清末改革運動、「洋務運動」的推行者。其施政計劃，包括把沈葆楨的政策推進更上一層外，為強化台灣內部以及與中國的連繫，敷設通信用電線，以及在基隆至恒春之間建設縱貫鐵路等。但是，丁日昌的任期也很短，在任中所實現的主要業績，只有台南與高雄間及台南與安平間、合計九十五公里的通信用電線敷設而已。
在清法戰爭中，清國政府於一八八四年六月授與前直隸陸路提督劉銘傳巡撫頭銜，使其負責台灣的行政與軍務。同年七月，劉銘傳到達台灣，因鑑於北部遭受法軍攻擊的情勢，親自駐守台北。劉銘傳的該行動，與清國官吏常見的消極做事態度有天淵之別。
鐵路事業方面，當初雖然計劃從基隆至台南敷設縱貫鐵路，但因為資金不足及劉銘傳離職，故僅敷設基隆到台北約三十二公里，後來一八九三年二月又完成到新竹約六十七公里。至此，清國統治時代所建設的狹軌鐵路，由基隆至新竹總共達約一百公里。
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